MTで静的ページを分割する際に良く使用するプラグイン「PageBute」での現象です。
テンプレートや管理画面の設定を確認してもおかしいところは見つからず、プラグイン解説/ダウンロードページのコメント欄でやっと同じ現象と対処法を発見しました。
現象
エントリーが1件少なく(最新の1件が表示されない)表示される
対処法
ページ分割位置を指定する<$MTPageSeparator$>の直後に改行を入れる。
改行を入れずそのまま次のテンプレートタグが入っているとこのような現象が起きるようです。